16世纪的医学
封建社会后期，手工业和商业开始发展，生产力的增长促进了对新市场的寻找。1492年哥伦布发现新大陆，1497年达·伽马发现好望角，1519～1522年麦哲伦环绕世界……，这些都加强了东西方文化的交流，许多药物也由东方传入欧洲。美洲发现后，欧洲也有了金鸡纳、愈创木、可可果。
由于资本主义的兴起，首先在意大利形成了资产阶级的知识分子。他们的特点是敢于向教会思想挑战，反对宗教迷信的束缚。他们的口号是“我是人，人的一切我应该了解”，以此来反对神学的统治。他们一方面传播新文化，一方面竭力钻研和模仿古代希腊的文化，因此称为“文艺复兴”。1543年哥白尼出版《天体运行论》，标志着科学史上文艺复兴的开始。
文艺复兴运动中，怀疑教条、反对权威之风兴起。于是医学界也产生了一场以帕拉切尔苏斯为代表的医学革命。
中世纪的医学学校中，主要讲阿维森纳的《医典》，以及加伦和希波克拉底的著作。教师照本宣科，一切墨守陈规，毫无生气。文艺复兴的狂潮，很快就波及医学领域。帕拉切尔苏斯首先指出人体的生命过程是化学过程，他在巴塞尔大学任教时主张用流行的德语写书和讲演，使医学易为大众所接受，这是一件伟大的改革。他重视实践，反对烦琐的经院哲学，反对中世纪的传统和权威观念。他说“没有科学和经验，谁也不能成为医生。我的著作不是引证古代权威的著作，而是依靠最大的教师—经验写成的”。他勇敢地向墨守陈规和盲目崇拜进行斗争，公开焚毁了加伦和阿维森纳的著作。
在封建社会，各民族无例外地禁止解剖尸体，因此人体解剖学得不到发展。这个时代的医书，解剖图几乎全是根据动物内脏绘成的。而文艺复兴时代的文化，把人作为注意的中心，这反映在医学领域内，人们首先重视的就是人体的构造。
首先革新解剖学的是意大利的达·芬奇，他认为作为现实主义的画家，有必要深入了解人的解剖结构，尤其需要了解骨骼与肌肉，于是他开始从事人体解剖。他所绘制的700多幅解剖图，传至今日只有150余幅，画得大都准确、优美。
达·分奇首先对加伦的解剖学发生疑问。他曾往气管吹入空气，但无论如何用力，也不见心脏膨胀起来，由此证明加伦所谓肺与心相通的学说是错误的。他还检查过心脏的构造与形态，他所画的心脏图较以往有关图画正确得多。此外，他还发现了主动脉根部瓣膜的活动及其性质，证明瓣膜的作用在于阻止血液回流。他所提到的心血管方面的问题，不久就引起了医学家们的注意。
根据直接的观察来写作人体解剖学教科书是由维萨里完成。维萨里肄业于卢万大学，后转入巴黎大学。当时，这两所大学讲解剖时，仍是教授高坐椅上讲课，助手和匠人在台下操作，而且一年内最多只允许进行三或四次解剖。维萨里不满足这种状况，曾夜间到野外去盗窃尸体来进行解剖。当时意大利的帕多瓦大学有欧洲最好的解剖教室，于是他就到那里任教。1543年，他将工作中积累起来的材料整理成书，公开发表。这本书就是《人体构造论》。维萨里虽然也受到当时保守派的指责，但他的学生们发展了解剖学。
中世纪，由于手术操作污秽而受到轻视，一般的外科手术都由理发师进行。法国的帕雷就是理发师-外科医生，他曾任军医，在战伤处理中，用软膏代替沸油处理火器伤，取得了很好的疗效；他还用结扎法取代烧灼法进行止血；做过异位胎儿倒转术；创制过假手假足。他不懂拉丁文，又不信仰天主教，他的作品用本国文字法文写成的。
14～16世纪，传染病非常流行，曾夺去无数人的生命。这时弗拉卡斯托罗提出有关传染病的新见解，认为传染病是由一种能繁殖的“粒子”造成的，还指出了三条传染途径。
总之，16世纪欧洲医学摆脱了古代权威的束缚，开始独立发展，其主要成就是人体解剖学的建立。这既表明一门古老的学科在新的水平上复活，又标志着医学新征途的开始。
17世纪的医学
在17世纪，英国科学处于领先地位。
17世纪，量度观念已很普及。最先在医学界使用量度手段的是圣托里奥，他制作了体温计和脉搏计，还制造了一个像小屋似的大秤，可在其中生活、睡眠、运动、进食。在排泄前后，他都秤量自己的体重，如此不厌其烦地进行了30余年。他发现体重在不排泄时也在减轻，于是认为其原因是“不易觉察的出汗”，这可以说是最早的新陈代谢研究。
实验、量度的应用，使生命科学开始步入科学轨道，其标志是哈维发现了血液循环。哈维毕业于帕多瓦大学，在他以前，帕多瓦大学的解剖学家们曾相继发现并解释了血液在心脏循环的过程。1553年，西班牙学者塞尔维特确认血液自右心室流入左心室时，不是经过中隔上的孔，而是经过肺脏进行了“漫长而奇妙的迂回”。
哈维最先在科学研究中应用活体解剖的实验方法，直接观察动物机体的活动。同时，他还精密地算出自左心室流入总动脉，和自右心室流入肺动脉的血量。他分析认为血液绝不可能来自饮食，也不可能留在身体组织内，他断定自左心室喷入动脉的血，必然是自静脉回归右心室的血。这样就发现了血液循环。哈维于1628年发表了著作《心脏运动论》。
随着实验的兴起，出现了许多科学仪器，显微镜就是17世纪初出现的。显微镜把人们带到一个新的认识水平。在这以后，科学家利用显微镜取得了一系列重要发现。
意大利马尔皮吉观察动物组织，发现了毛细血管，他还观察过脾脏、肾脏等组织的微细结构。荷兰业余科学家列文胡克也作过许多显微镜观察，最先看到精子、血细胞；他在观察蝌蚪的尾巴时发现血细胞从毛细血管中流过的情形。他和马尔皮基的观察填补了哈维在血液循环学说中留下来的空白，说明血液怎样由动脉进入静脉的。但是，17世纪的显微镜观察很不深入，真正的人体组织学是19世纪才发展起来。
17世纪时物理学、化学和生物学都有了进步，医学家也开始不满意过去的医学学说，出现了一些新的学说，这主要有三种派别。其一是物理学派，医学机械论者、哲学家和数学家笛卡尔对医学的见解就是代表。他主张一切疼痛、恐怖等都是机械的反应；认为人有灵魂，而灵魂存在于松果体中。
化学派则以化学原理解释生理和病理现象，荷兰人西尔维乌斯可为其代表。他曾致力于盐类的研究，认为身体的三要素是水银、盐和硫磺；“酵素”在生命活动和生理功能上有重要的作用。他是加伦学说的信奉者，认为疾病的发生是酸性和碱性的平衡失调所致，所以其治疗方法也是以平衡两者的关系为主。这个学派是当时医学上有势力的一派，他们在唾液、胰液和胆汁方面的研究对生理学有一定的贡献。他们认为血液是中枢，一切病理过程都由血液产生。对所有疾病都用化学原理进行解释和治疗。
另一位英国的化学派代表，牛津大学的威利斯注重临床观察。在西方他第一个知道糖尿病的尿是甜的，所以糖尿病也曾称威利斯氏病，他记述过现在所称的重症肌无力，还描述并命名过产褥热和大脑基底动脉环。
还有一派叫做活力派，认为生命现象不能受物理或化学的支配，生命现象是由生命特有的生命力来维持的，这种生命力亦即活力。这个学派的代表人物是斯塔尔，他认为疾病的原因在于生命力的减少，而其消失就是死亡。此派到18世纪更为盛行。
这三个学派虽然开始于17世纪，但其影响都很大，直到20世纪各种学派中还能找到它们的踪迹。
内科学直到17世纪一直没有什么进展，医术与中世纪相仿，四体液论依然是疾病理论的基础。由于当时医生多研究解部学和生理学，似乎忘记了医生的责任，所以17世纪的临床医学家西德纳姆指出“与医生最有直接关系的既非解剖学之实习，也非生理学之实验，乃是被疾病所苦之患者。故医生的任务首先要正确探明痛苦之本质，也就是应多观察同样病患者的情况，然后再研究解剖、生理等知识，以导出疾病之解释和疗法”。同时，他非常拥护希波克拉底关于“自然治愈力”的思想。这既说明了当时临床学还很落后，也表明他对人体抗病能力的重视。
18世纪的医学
到18世纪，医学家已经解剖了无数尸体，对人体的正常构造已有了清晰的认识，在这基础上，他们就有可能认识到若干异常的构造。
意大利病理解剖学家莫尔加尼于1761年发表《论疾病的位置和原因》一书，描述了疾病影响下器官的变化，并且据此对疾病原因作了科学的推测。他把疾病看作是局部损伤，而且认为每一种疾病都有它在某个器官内的相应病变部位。在他以后医师才开始用“病灶”解释症状，这种思想对以后的整个医学领域影响甚大。
18世纪后半期，奥地利医生奥恩布鲁格发明了叩诊。他的父亲是酒店老板，常用手指敲击大酒桶根据声音猜测桶里的酒量。后宋，奥恩布鲁格把这个方法用在人的胸腔，以寻找“病灶”。经过大量经验观察，包括尸体解剖追踪，他创立应用至今的叩诊法。但叩诊法的推广应用，还是19世纪的事。
在17世纪以前，欧洲并无有组织的临床教育，学生到医校学习，只要读书，经过考试及格就可领到毕业证书。17世纪中叶，荷兰的莱顿大学开始实行临床教学，并取消宗教派别的限制，吸收了不少外国学生。
到18世纪，临床医学教学兴盛起来，莱顿大学在医院中设立了教学病床，布尔哈维成了当时世界有名的临床医学家。布尔哈维充分利用病床教学，他在进行病理解剖之前，尽量给学生提供临床的症候以及这些与病理变化关系的资料，这是以后临床病理讨论会的先驱。
詹纳发明牛痘接种法是18世纪预防医学的一件大事。16世纪中国已用人痘接种来预防天花。18世纪初，这种方法经土耳其传到英国，詹纳在实践中发现牛痘接种比人痘接种更安全。他的这个改进增加了接种的安全性，为人类最终消灭天花作出贡献。
19世纪的医学
19世纪初，细胞学说被提了出来。到19世纪中叶，德国病理学家菲尔肖倡导细胞病理学，将疾病研究深入到细胞层次。他学说的基本原理包括：细胞来自细胞；机体是细胞的总和；疾病可用细胞病理来说明。
19世纪中叶，由于发酵工业的需要，再加上物理学、化学的进步和显微镜的改进，细菌学也随之诞生了。法国人巴斯德开始研究发酵的作用，后研究微生物，证明发酵及传染病都是微生物引起的；德国人科赫发现霍乱弧菌、结核杆菌及炭疽杆菌等，并改进了培养细菌的方法和细菌染色方法，还提出科赫三定律。他们的工作奠定了微生物学的基础。
19世纪后30年，是细菌学时代，大多数主要致病菌在此时期内先后被发现。巴斯德还研究了鸡的霍乱、牛羊炭疽病及狂犬病等，并用减弱微生物毒力的方法首先进行疫苗的研究，从而创立了经典免疫学。以后，在巴斯德研究所工作的俄国人梅契尼科夫，系统阐述了吞噬现象及某些传染病的免疫现象；提出了微生物间的对抗和它们变异的论述；20世纪初，发现乳酸菌与病原菌在人肠中相互拮抗，并用乳酸菌制剂来治疗某些肠病。他对早期免疫学作出很大贡献。
19世纪初期，在药理学方面，一些植物药的有效成分先后被提取出来。例如，1806年由鸦片中提取出吗啡；1819年由金鸡纳树皮中提取出奎宁；至19世纪中叶，尿素、氯仿等已合成；1859年水杨酸盐类解热镇痛药合成成功；19世纪末精制成阿斯匹林。其后各种药物的合成精制不断得到发展。以后，人们开始研究药物的性能和作用。以临床医学和生理学为基础，以动物实验为手段，产生了实验药理学。
19世纪，人们应用物理、化学的理论和实验方法研究机体，从而逐渐兴起实验生理学。法国的马让迪，德国人弥勒和法国人贝尔纳先后用动物实验对神经和消化等系统进行了大量生理研究。他们的工作奠定了现代生理学研究的科学基础。
由于病理解剖学和细胞病理学的影响，当时的临床医学中特别注意对内脏器官病理变化的研究和诊断，想尽各种方法寻找“病灶”，使诊断方法不断充实，诊断手段和辅助诊断工具不断增多。到19世纪末，检查工作又或多或少地从直接观察病人转变为研究化验室的检验结果。
发明听诊的是拉埃内克，他是法国病理学家、临床家。他从希波克拉底的著作中，得到对于心肺可以听诊的启示。起先他用耳直接听诊，后来制成纸制听诊器，后用木制。他检查了许多病人，研究了用听诊器发现的各种最微小的现象，并进行了许多尸体解剖，把解剖结果与临床现象相对照，从而改进了听诊法。1819年，他发表论文《间接听诊法》，并根据这种新的检查方法用来诊断肺和心脏的疾病。
许多临床诊断辅助手段如血压测量、体温测量、体腔镜检查都是在19世纪开始应用的。利用新的照明装置和光学器具，一系列光学器械相继发明和使用。较早的有德国人赫尔姆霍茨的检眼镜，继之喉镜、膀胱镜、食管镜、胃镜、支气管镜等先后发明，这丰富了临床内科诊断手段，并使其后体腔内进行治疗成为可能。
由于化学的发展，临床医学利用化学分析检验方法以检查血液的内容物，大大改进了诊断法。显微镜学的不断进步，促使形态诊断学在临床逐步取得重要地位，它研究机体体液和固体部分的组织结构和有形成分，并研究正常和异常排泄物的结构成分。至19世纪末和20世纪初，由于微生物学和免疫学的成就，医生的诊断方法更为丰富。
19世纪之前，外科非常落后。疼痛、感染、出血等主要基本问题未得解决，这限制了手术的数量和范围。19世纪中叶，解剖学的发展和麻醉法、防腐法和无菌法的应用，对外科学的发展，起了决定性的作用。
首先是麻醉法的发明。19世纪中叶、乙醚、氯仿相继被用作全身麻醉药，外科手术能够在无痛情况下施行，这是外科学的一大进步，是外科手术学得以发展的前提。19世纪末又发明了局部麻醉的方法，克服了全麻手续繁杂、副作用多的不足。
创伤手术后的化脓并发症是最麻烦的事，在巴斯德发现病原微生物以前，维也纳的产科医生塞梅尔魏斯于1847年证明，产褥热的真正原因是手和产科器械带进了感染因素，主张用石灰水洗手。
根据巴斯德的发现，英国外科医生利斯特认为伤口中的腐烂和分解过程是由微生物所引起。1865年他用石炭酸消毒法进行复杂骨折手术荻得成功，他还用石炭酸消毒手术室、手术台、手术部位和伤口。并用复杂的包扎法包扎伤口。防腐法大大地减少了创伤化脓和手术后的死亡率，但还是没有完全解决伤口的感染问题。
1886年贝格曼采用热压消毒器进行消毒外科，才标志着真正进入了无菌手术的时代。止血方面也有些初步进步，如止血钳、止血带以及血管结扎的方法的应用等。
以上几方面的重要成就，为外科的发展铺平了道路。从此外科学开始迅速发展。19世纪末期，体腔外科普遍发达，这样许多临床专业(如妇科、泌尿科、眼科等)中除进行内科处置外，外科方法也获得重要地位。
18世纪时预防医学有某些改进，但大多是个人努力的结果，实施范围也很有限。到19世纪，预防医学和保障健康的医学对策已逐渐成为立法和行政的问题。英国于1848年设立卫生总务部，规定一些预防疾病的法令。
之后不久，英国发生霍乱大流行，死亡约六万人。统计资料显示疾病的传染媒介是饮用水，于是采取了适当的预防方法，而逐渐遏止了疫情。
使卫生学成为一门精确科学的人是德国的佩滕科弗，他将物理和化学的研究方法应用到卫生学方面，研究了空气、水、土壤对人体的影响；测定了大气中二氧化碳对呼吸的意义，并发明了测定空气中二氧化碳含量的方法；研究了住宅的通气和暖气设备。继他之后，研究职业病的劳动卫生学、研究食品工业的营养和食品卫生学相继产生。
护理工作历史悠久，但从事护理的人长期地位低下，19世纪之前工作条件一直十分恶劣，人员素质差，待遇低。英国的南丁格尔曾在德国学习护理知识，在克里米亚战争中率护士进行战地救护，收效显著。1860年她创立护士学校，传播其护理学思想，提高护理地位，使护理学成为了一门科学。